为了从样品中获得与神经退行性疾病相关的最多信息，必须考虑以下因素：
事先处理并调整这些因素能从每个实验中获得最多数据。
使用各种各样的技术来研究神经退行性疾病，包括基础细胞和分子方案、电生理学评估和利用原位抗体技术的显影方法。
死后组织染色是一种最可靠的方法，可用来检测目的蛋白及其亚细胞定位以及显现这些蛋白如何相互作用。
可以分离和检测个别神经元和胶质细胞群，以及它们的轴突、树突、受体和神经递质含量。另外，可以选择性标记疾病状态下的出现改变的蛋白。
制备中枢神经系统的组织时需要特别小心，才能在染色时产生最佳结果。为了进行高质量的神经病理学观察，在研究啮齿动物时应考虑理解神经解剖学，以及几个简单的额外步骤：快速完全放血，小心取出脑，并迅速浸入固定剂中。使用注射器以一种从尾部到嘴部的方式完整地取出脊髓。
通常，用最适切割温度 (OCT) 的培养基快速冷冻（用于免疫荧光法）或包埋在石蜡（用于 IHC）中来制备组织样品。在继续进行染色流程前，将样品切片，并放在玻片上风干。
免疫组织化学法 (IHC) 可用于通过苏木精-伊红 (H&E) 染色进行的解剖学和形态学筛选。使用 FITC 滤波片在 H&E 染色玻片上观察到的任何自发荧光都表明有退行性神经元，而 Fluoro Jade B 染色则是一种更敏感的染色剂，可检测树突和轴突中的神经退化。LFB-Holmes Silver 可用来使髓磷脂和轴突显色，而炎症则通过星形胶质细胞 (GFAP) 和小胶质细胞（CD68 和 IBA1）标记物染色来显现。
理解某种特定抗体的应用至关重要 - 因为它在蛋白印迹实验中的性能与预期一样并不表明，在进行免疫荧光染色时也能成功检测定位。因此，证实应用特定验证至关重要。此外，还必须选择适用于显影系统的一抗-二抗对和荧光团偶联物。
使用兔单克隆抗体有许多优势，尤其是对小鼠或人组织进行 IHC 时。例如，它们的亲和力和特异性更高，背景减少，并且不太可能与其他物种的抗体发生交叉反应。
使用 GFAP (D1F4Q) XP® Rabbit mAb（绿色）和 Neurofilament-H (RMdO 20) Mouse mAb #2836（红色）对大鼠小脑进行共聚焦免疫荧光分析。蓝色伪彩 = DRAQ5 #4084（DNA 荧光染料）。
从新鲜采集的脑或脊髓或从脑脊液中分离的原代细胞，以及诱导多能性干细胞 (iPSC) 都可制备用来进行 ICC 分析。使用已涂抹的玻片、固定细胞，通透、封闭以及随后染色至关重要。对于多重分析，应特别考虑激发源的波长和滤波片组的光谱特性，以尽量减少光谱重叠。
流式细胞术已被用来分析与神经退行性疾病相关的微粒和脂蛋白颗粒，包括 ApoE4 及与 Aβ 形成的复合体。此外，对神经障碍细胞类型进行深度免疫表型分析以及对促/抗炎细胞因子的产生进行分析，均可通过流式细胞分析进行评估。
鉴于受影响蛋白的复杂性以及有时几乎检测不到的循环水平，使用 ELISA 来主要检测神经递质输出，以及通过测定促/抗炎细胞因子水平来检测神经炎症的体征。