与蛋白质印迹分析相比时，胞内流式细胞术可以为信号转导事件研究提供独特的优势。蛋白质印迹法检测来自汇集的细胞群体的蛋白质水平，因此其灵敏度可能不足以识别罕见信号转导事件，特别是低比例特化细胞中发生的事件。这可能错误解读为阴性结果。由于流式细胞术具有在单个细胞水平测量事件的能力，因此它可以识别罕见的信号转导事件（参见下文例子）。
胞质非受体酪氨酸激酶 Syk 传输来自 B 细胞受体 (BCR) 的信号，并且当 B 细胞受体激活时被磷酸化。
使用 WB 研究未处理的或用 Ig M (10μg/ml) 处理 10 分钟的 PBMC 群体中 Syk 的激活情况。两个组使用 Syk Antibody #2712 通过 WB 对总 Syk 进行分析后，都显示了分子量正确的两个条带。但是，使用 Phospho-Syk (Tyr525/526) (C87C1) rabbit mAb #2710 对磷酸化 Syk 的探测未产生可见条带。Syk 仅在 PBMC 内部的 B 淋巴细胞群体中表达，并且处理后，仅小比例的 B 细胞将显示 Syk 的激活。因此，IgM 处理的影响在蛋白质裂解物内部被削弱，并且使用 WB 进行分析时不可检出。
当通过流式细胞术进行相同分析时，分别用 CD19 细胞和 CD4 细胞、B 细胞和 T 细胞特异性标志物共染色，可以鉴定 B 细胞。可以检查 CD19 阳性和 CD4 阴性 B 细胞的 Syk 磷酸化情况。正如预期的一样，未处理的细胞中不存在 Syk 激活。然而在 IgM 处理后，约 10% 的 B 细胞变成 phospho-Syk 阳性。因此不同于蛋白质印迹法，流式细胞术有能力从不均一的人 PBMC 汇集物中鉴定并且拆分这个微小但真实的 B 淋巴细胞亚群。
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